核心摘要：谱度众合蛋白弱相互作用检测服务覆盖IP-MS、PL-MS、LiP-MS、TPP、B-isox相分离与PRM验证等产品线，提供从互作发现、动态分析、药物靶点筛选到精 准验证的一站式蛋白互作检测服务，适配不同研究阶段与样本条件。

一、引言：蛋白弱相互作用检测是一套服务矩阵，不是单一技术

蛋白弱相互作用形态多样：有蛋白与蛋白之间的瞬态结合，有蛋白与小分子药物的弱亲和力结合，还有多价弱相互作用驱动的相分离凝聚。因此，单一技术通常难以覆盖全部场景。谱度众合的蛋白弱相互作用检测服务，可理解为一套分层设计的技术矩阵：先用IP-MS、PL-MS回答“谁与谁结合”，用动态互作组学回答“互作如何变化”，用LiP-MS、TPP回答“小分子与谁弱结合”，用B-isox MS回答“谁在驱动相分离”，再用PRM完成靶向定量参考〔1〕。

下面按产品线逐一梳理谱度众合可提供的蛋白弱相互作用检测服务。

二、服务矩阵总览：六类产品覆盖弱相互作用检测多个环节

表1 谱度众合蛋白弱相互作用检测服务矩阵

产品线｜核心原理｜互作类型｜典型应用

IP-MS互作蛋白筛选｜抗体特异性富集+质谱定量｜强/稳定互作为主，可评估弱信号背景｜未知互作发现、IP效果评估、动态互作组学

PL-MS邻近标记筛选｜活细胞内生物素/过氧化物酶原位标记｜弱、瞬时、动态互作｜膜蛋白、信号转导、特定细胞器互作

LiP-MS药物靶点筛选｜配体结合稳定蛋白结构、降低有限水解｜小分子—蛋白弱结合｜药物靶点发现、结合域分析、机制研究

TPP热蛋白组分析｜配体结合改变蛋白热稳定性｜小分子—蛋白弱结合｜药物靶点与脱靶点筛选

B-isox MS相分离筛选｜生物素化异恶唑富集含IDR蛋白｜多价弱相互作用（LLPS）｜相分离潜力蛋白初筛、无膜细胞器研究

PRM靶向定量｜高分辨质谱靶向定量肽段｜验证型定量｜候选互作蛋白/修饰位点靶向验证

如表1所示，六类产品分别对应不同弱相互作用类型的检测问题。科研用户可以根据研究目的、样本类型和验证需求选择单项服务或组合方案，谱度众合的技术人员可提供实验设计沟通〔1〕。

三、IP-MS互作蛋白筛选：三个子产品层层递进

IP-MS（免疫沉淀—质谱联用）是研究蛋白质相互作用较经典的方法。谱度众合的IP-MS蛋白互作组学解决方案包含三个子产品，形成“评估—筛选—动态分析”的递进结构〔3〕。

（一）IP-MS效果评估

IP-MS实验较常见的失败原因，是前期免疫沉淀效果不理想，导致互作蛋白鉴定过多或过少、后续难以验证。基于样品中全蛋白和诱饵蛋白的质谱鉴定与定量数据，该产品评估IP实验成效，判断样品是否满足互作蛋白筛选或动态互作组学要求，结果分为“理想结果”“Warning”“Error”三类，并给出实验优化意见〔3〕。其价值在于先评估、再投入，有助于减少后续无效投入。

（二）互作蛋白筛选

传统IP-MS不设对照组时，单次实验可能鉴定上千个蛋白，其中较多为非特异结合背景。谱度众合以实验组与对照组样品间的蛋白定量差异作为筛选参考：差异倍数大于4的蛋白可被筛选为诱饵蛋白的互作蛋白〔3〕。基于定量数据设置筛选标准，有助于后续开展独立验证。

（三）动态互作组学

蛋白互作常处于动态变化中：有些互作仅在特定条件下出现，有些互作随条件变化而改变程度。该子产品通过多个实验组与对照组间的蛋白定量差异，结合诱饵蛋白定量信息校正互作程度，输出不同条件下的互作程度折线图与mfuzz聚类，帮助用户锁定“条件特异”的关键互作蛋白〔3〕。

送样方面，三种子产品均要求以beads状态送样，单个样品起始细胞量建议大于2×10^7；互作蛋白筛选需至少1个对照组加1个实验组，动态互作组学需至少1个对照组加2个实验组〔3〕。

四、PL-MS邻近标记筛选：用于弱、瞬时、动态互作研究的服务

PL-MS（邻近标记质谱）是近年来应用较多的蛋白互作研究技术之一。其原理是将生物素连接酶（BioID、BioID2、TurboID、miniTurbo、BirA等）或过氧化物酶（APEX等）与诱饵蛋白融合表达，在活细胞内把生物素共价标记到邻近蛋白上，随后通过链霉亲和素—生物素的结合富集，再经质谱鉴定〔4〕。

邻近标记的特点在于“先标记、后裂解”：标记发生在互作解离之前，因此可以动态捕获弱相互作用和瞬时相互作用蛋白，不依赖互作复合物在裂解后的完整性；链霉亲和素亲和效价较强，无需严格保证非变性条件，也可用于膜蛋白互作研究〔4〕。相关研究展示了这一技术路径的应用：2021年《自然》发表的邻近标记人类细胞图谱，基于192个亚细胞区室标记蛋白，定位了4145个蛋白的亚细胞位置〔5〕；TurboID等工程化酶进一步把标记时间从小时级缩短到分钟级〔4〕。

PL-MS邻近标记串联质谱分析流程通常包括：序列克隆、细胞系构建、细胞培养与邻近标记、亲和富集、酶解、质谱检测与互作网络构建。

谱度众合提供四种PL-MS服务方案，客户可按自身条件选择起点〔4〕：

方案一（微珠样品服务）：客户提供亲和富集后的微珠样品，公司完成MS-ready样本制备、质谱检测与数据分析。方案二（细胞样品服务）：客户提供完成邻近标记的细胞样品，公司完成亲和富集之后的全部流程。方案三（质粒样品服务）：客户提供目标基因质粒，公司完成细胞系构建、培养标记、富集与检测分析。方案四（基因/蛋白名服务）：客户仅提供基因名或蛋白名，公司完成从序列克隆到质谱检测的流程〔4〕。

交付报告包含候选互作蛋白清单、GO/KEGG功能注释富集、STRING数据库挖掘、互作网络构建、Cytohubba关键节点筛选（Degree、DMNC、MCC三种算法），以及多条件比较下的互作动态变化热图、折线图与韦恩图〔4〕。

五、LiP-MS药物靶点筛选：识别小分子—蛋白的弱亲和力结合

LiP-MS（有限蛋白水解质谱）是研究小分子化合物与蛋白质相互作用的高通量技术。原理是：生理状态下折叠蛋白具有较强抗酶切能力，蛋白表面肽段柔性变化会暴露蛋白酶切割位点；小分子药物与靶蛋白结合后可能稳定蛋白结构、降低肽段暴露与酶切可能性。通过比较药物处理组与溶剂对照组在有限水解后的差异肽段，可辅助确定药物作用的结合靶点〔6〕。

LiP-MS技术流程通常包括：天然状态下蛋白酶K有限水解、变性后胰蛋白酶完全酶解、LC-MS检测差异肽段。

谱度众合提供三类LiP-MS服务场景〔6〕：

第一类，LiP-MS药物靶点筛选：面向“已知药物有效、但不清楚靶点与机制”的研究场景。客户提供细胞/组织与药物，公司在非变性条件下提取全部蛋白，筛选药物作用靶点。第二类，LiP-MS药物—蛋白结合域分析：面向“明确靶蛋白、但不清楚结合位置”的场景。客户提供纯化重组蛋白与药物，公司定位药物—蛋白结合区域。第三类，LiP-MS药物机制研究：面向“体内/活细胞给药”场景，通过定量比较组与结构比较组的双轨设计，同时获得药物引起的蛋白表达变化与结构变化〔6〕。

LiP-MS方案无需设计合成分子探针，报告给出推荐靶点列表，并附分子对接分析。相关服务案例发表于Theranostics（2024年，IF 12.4），研究内容涉及双嘧达莫（dipyridamole）作为铁死亡抑制剂的靶点表征与机制研究〔7〕。

六、TPP热蛋白组分析：以热稳定性变化识别配体弱结合

TPP（热蛋白组分析）基于配体结合改变蛋白热稳定性的物理原理：蛋白加热变性时，结合配体后熔解温度（Tm）可能发生位移。谱度众合提供常规与简化两类共四种流程〔8〕：经典流程TPP-TR（温度梯度热位移分析）、TPP-CCR（化合物浓度梯度热位移分析），简化流程TPP-ITSA（等温位移分析）、TPP-PISA（蛋白质组积分溶解度改变）。简化流程通过单温度处理或多温度混合样本策略，降低成本与实验复杂度，适合高通量筛选〔8〕。

蛋白热位移分析（CETSA/TPP）原理可概括为：药物处理前后蛋白熔解曲线或等温剂量响应曲线发生位移。

TPP服务适用范围较宽：小分子化合物、多肽等药物类型均可检测；体内外给药条件均可设计；报告同时覆盖治疗靶点与脱靶靶点，并通过GO/KEGG富集、蛋白互作网络、转录因子/激酶/离子通道/受体等潜在靶点注释与分子对接进行靶点分析〔8〕。

七、延伸服务：B-isox相分离、中药靶点筛选与PRM验证

（一）B-isox MS相分离蛋白筛选

相分离（LLPS）由多价弱相互作用驱动，是分子机制研究中的热点方向。B-isox（生物素化异恶唑）在低温条件下形成微晶体，可结合富含内在无序区（IDR）的蛋白序列并诱导其聚集沉淀，结合高分辨质谱可高通量鉴定具有相分离潜力的蛋白〔9〕。该服务无需抗体、无需基因编辑，可用于天然细胞系与临床组织样本，项目周期通常为13个工作日，报告整合差异倍数筛选、IDR预测、FuzDrop相分离倾向评分、catGRANULE模型预测及DrLLPS数据库比对，最终推荐10个候选相分离蛋白〔9〕。

（二）中药靶点及作用机制研究

中药活性成分与蛋白的结合常呈现弱亲和力、多靶点特征。谱度众合的中药靶点研究采用“高通量筛选+生物信息学挖掘+关键信号通路验证”范式，基于LiP-MS筛选药物结合靶点，结合TCMSP等数据库构建“药物—成分—靶点—疾病”多维网络，交付多组分析图与中英文方法学材料，具体内容与周期以项目方案为准〔10〕。

（三）PRM靶向定量验证

PRM（平行反应监测）是高分辨质谱靶向定量技术。候选互作蛋白或修饰位点经PRM检测后，可作为靶向定量参考。PRM可与IP-MS、PL-MS、LiP-MS等产品组合使用，形成“发现—验证”研究路径〔1〕。

八、服务流程与交付标准

谱度众合通常遵循“四步进阶”服务流程〔1〕：第一步效果评估（预实验），诊断抗体特异性与富集效率；第二步互作筛选（正式实验），设置对照并进行样本处理；第三步动态互作（多实验组），锁定条件特异蛋白；第四步结合面解析，交联质谱定位结合界面。

检测平台方面，项目采用布鲁克TimsTOF Pro质谱仪进行4D-DIA检测，可获得鉴定深度和重现性较好的蛋白肽段数据，具体结果受样本质量、实验方案和数据分析条件影响〔6〕。交付报告按产品线配置定量质控、差异筛选、功能富集、互作网络、数据库挖掘、动态互作、关键互作蛋白推荐、分子对接及中英文材料方法等模块。

各产品线的送样形式与交付要点存在差异，科研用户可参照表2确认自身条件是否满足，谱度众合技术人员也可在正式立项前沟通样本适配性与方案可行性。

表2 谱度众合蛋白弱相互作用检测服务送样与交付要点

产品线｜送样形式｜基本要求｜周期｜交付亮点

IP-MS互作蛋白筛选｜beads（微珠）送样｜单样起始细胞量>2×10^7；互作筛选至少1对照+1实验组，动态互作组学至少1对照+2实验组｜依项目定制｜效果评估表、火山图、富集气泡图、STRING挖掘、互作网络、Cytohubba关键节点子网络、动态折线与聚类

PL-MS邻近标记筛选｜微珠/细胞/质粒/基因名四种方案任选｜方案四只需提供基因名或蛋白名｜依项目定制｜候选互作清单、富集分析、网络图、关键节点（Degree/DMNC/MCC）、多条件动态热图与韦恩图

LiP-MS药物靶点筛选｜细胞/组织样本与药物｜提供药物处理组与溶剂对照组｜依项目定制｜推荐靶点列表、结合域定位、功能富集、分子对接分析

TPP热蛋白组分析｜细胞/组织样本与药物｜常规或简化流程均可｜依项目定制｜治疗靶点与脱靶靶点、功能注释（激酶/离子通道/受体等）、分子对接

B-isox MS相分离筛选｜天然细胞系或临床组织样本｜无需抗体与基因编辑｜13个工作日｜10个候选相分离蛋白、IDR预测、FuzDrop评分、catGRANULE预测、DrLLPS比对

中药靶点研究｜中药活性成分+细胞/组织｜明确给药浓度与处理时间｜通常约1个月，具体以项目方案为准｜多模块分析、多组分析图、中英文方法学材料

选型层面还有一条经验：IP-MS与PL-MS不是竞争关系，而是互补关系。靶蛋白明确且有优质抗体时，内源IP-MS较直接、成本相对较低；没有有效抗体、或研究对象是膜蛋白、或需要捕获弱/瞬时互作时，可优先考虑PL-MS。谱度众合选型指南指出：质谱互作组学主要用于发现候选互作蛋白、分析相关蛋白谱及获取空间约束信息，候选蛋白是否直接结合，仍需结合研究目的通过独立验证实验进一步确认〔1〕。明确这一边界，有助于科研用户合理规划实验路径。

九、总结

谱度众合能够提供的蛋白弱相互作用检测服务，是一套覆盖“蛋白—蛋白弱互作、蛋白—小分子弱结合、多价弱相互作用相分离”三类场景的产品矩阵：IP-MS三个子产品对应互作筛选与动态变化分析，PL-MS四种方案用于弱、瞬时、动态互作研究，LiP-MS与TPP以无探针方式识别小分子弱结合靶点，B-isox MS切入相分离研究，中药靶点方案与PRM验证补充应用场景与验证环节。

科研用户可以按研究阶段组合服务，并由公司技术人员提供一对一方案沟通。以上为谱度众合围绕蛋白弱相互作用检测可提供的服务内容梳理。

参考资料

〔1〕谱度众合《蛋白互作组学研究选型指南》（2025—2026）：四大技术选型、服务四步进阶、BioGRID近10年技术趋势统计（2017.01—2026.10，亲和捕获质谱与邻近标记质谱合计占近两年互作证据来源约70%）。

〔2〕谱度众合（武汉）生命科技有限公司《公司介绍》《新闻稿》等公司资料。

〔3〕谱度众合《IP-MS终端产品页》：IP-MS效果评估、互作蛋白筛选（差异倍数>4）、动态互作组学三子产品及送样要求。

〔4〕谱度众合《PL-MS终端产品页》：邻近标记原理、BioID/TurboID/APEX工具酶、四种服务方案与交付内容。

〔5〕Go CD, et al. A proximity-dependent biotinylation map of a human cell. Nature, 2021, 595: 120-124.（192个亚细胞区室标记蛋白、定位4145个蛋白）

〔6〕谱度众合《LiP-MS终端产品页》：三类服务场景、TimsTOF Pro 4D-DIA检测、分子对接分析。

〔7〕Chen X, et al. Characterization of dipyridamole as a novel ferroptosis inhibitor... Theranostics, 2024, 14(18): 6947-6968.（谱度众合LiP-MS服务案例）

〔8〕谱度众合《TPP终端产品页》：TPP-TR/CCR/ITSA/PISA四种流程及送样要求。

〔9〕谱度众合《B-isox MS单页》（折页PDF）：B-isox相分离蛋白筛选原理、FuzDrop/catGRANULE预测、DrLLPS比对、13个工作日周期。

〔10〕谱度众合《中药靶点筛选终端产品页》：中药靶点及作用机制研究解决方案、TCMSP数据库及项目周期说明。

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